牦牛AQP9基因CDS全长序列克隆及其生物信息学特征分析

doi:10.11843/j.issn.0366-6964.2015.07.008

畜牧兽医学报 ›› 2015, Vol. 46 ›› Issue (7): 1134-1140.doi: 10.11843/j.issn.0366-6964.2015.07.008

牦牛AQP9基因CDS全长序列克隆及其生物信息学特征分析

刘健锋¹，丁艳平²，伍志伟³，王建林¹，邵宝平^1*

（1．兰州大学生命科学学院，动物学与发育生物学研究所，兰州 730000；2.西北师范大学生命科学学院，兰州 730070；3.甘肃中医学院系统生物学与中医药转化研究所，兰州 730020）

收稿日期:2014-08-27 出版日期:2015-07-23 发布日期:2015-07-23
通讯作者: 邵宝平，博士，副教授，硕导，主要从事高原动物适应性机理研究，E-mail：shaobp@lzu.edu.cn
作者简介:刘健锋（1988-），男，重庆忠县人，硕士生，主要从事高原动物适应性机理研究，E-mail：andyandhope@gmail.com
基金资助:
国家自然科学基金项目（青年基金：31000190；地区基金：31060141）；兰州大学中央高校基本科研业务费专项

Cloning and Bioinformatics Analysis of the CDS of Yak AQP9 Gene

LIU Jian-feng¹，DING Yan-ping²，WU Zhi-wei³，WANG Jian-lin¹，SHAO Bao-ping^1*

(1.Institute of Zoology and Developmental Biology,School of Life Sciences，Lanzhou University，Lanzhou 730000，China；2.School of Life Science，Northwest Normal University，Lanzhou 730070，China；3.Institute of Systems Biology and TCM Transformation，Gansu Traditional Chinese Medical College，Lanzhou 730020，China)

Received:2014-08-27 Online:2015-07-23 Published:2015-07-23

摘要/Abstract

摘要：

为了研究高原动物对青藏高原极端生境的适应机理，并为探讨高原动物适应机制提供基本数据。本研究运用基因克隆技术对牦牛脑AQP9基因CDS全长序列进行克隆，采用生物信息学方法进行分析，AQP9基因和编码序列特征进行了以下几方面的预测和分析：其物化性质、疏水性、跨膜结构和蛋白二级结构。结果表明，牦牛AQP9的CDS含有一个885 bp的开放阅读框，编码295个氨基酸；牦牛AQP9基因编码蛋白分子量和理论等电点分别为31.89 ku和6.21，其编码蛋白含有6次跨膜结构，属于疏水性蛋白；二级结构由α-螺旋、延伸链、β-折叠及无规则卷曲构成；牦牛AQP9基因编码氨基酸序列与黄牛、藏羚羊、绵羊等物种间同源性较高，系统进化情况与其亲缘关系远近一致。本研究将为牦牛低氧适应性研究提供一定的基础资料。

Abstract:

The aim of this study was to investigate the adaption mechanism of plateau animals to extreme environment of the Qinghai-Tibet plateau，and to provide some basic data for exploring the adaption mechanism of plateau animals.The coding region sequence of yak AQP9 was cloned by molecular cloning technique and analyzed by bioinformatics in this study.Some characteristics of the AQP9 gene and encoded protein sequences were predicted and analyzed in the following aspects as the general physical and chemical properties，hydrophobicity，transmembrane structure and secondary structure.The results showed that the CDS of yak AQP9 contains a complete ORF (885 bp) encoding 295 amino acids.The putative molecular weight and theory isoelectric point of AQP9 gene coding protein in yak were 31.89 ku and 6.21，respectively.The protein encoded by yak AQP9 contains 6 transmembrane domains，and it was a hydrophobic protein.The secondary structures are mainly composed of α-helix，extended strand，β-turn and random coil.Deduced amino acid sequences of AQP9 gene between yak and cattle，sheep and other species were high homology，and the phylogenetic distance consistent with their genetic relationship.This study will provide certain basic data for studying hypoxia adaptation of yak.

中图分类号:

S823.8⁺5.2

刘健锋，丁艳平，伍志伟，王建林，邵宝平. 牦牛AQP9基因CDS全长序列克隆及其生物信息学特征分析[J]. 畜牧兽医学报, 2015, 46(7): 1134-1140.

LIU Jian-feng，DING Yan-ping，WU Zhi-wei，WANG Jian-lin，SHAO Bao-ping. Cloning and Bioinformatics Analysis of the CDS of Yak AQP9 Gene[J]. ACTA VETERINARIA ET ZOOTECHNICA SINICA, 2015, 46(7): 1134-1140.

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Cloning and Bioinformatics Analysis of the CDS of Yak AQP9 Gene

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